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【昊工具】表觀基因組關聯研究數據庫EWAS Data Hub,甲基化數據的高效查詢so easy!

發稿時間:2019-12-16來源:天昊生物

 

表觀基因組關聯分析Epigenome-wide Association Study,EWAS),即基于全基因組范圍尋找組間的表觀遺傳學標記的差別或特征,目前是研究復雜疾病遺傳學基礎的一種有效方法。由于DNA樣本的易獲得性和DNA甲基化檢測技術的不斷成熟,大量的科研成果已經累積了大量的DNA甲基化芯片數據(主要是Infinium HumanMethylation450 (450K) MethylationEPIC (850K) 芯片平臺)。有效的數據整合和深入挖掘,將為復雜疾病或性狀的表觀遺傳學深入研究提供更多重要的參考信息。但是,由于不同試驗的研究平臺,研究批次,包括樣本的年齡性別等信息千差萬別,直接使用這些數據肯定會導致大量的假陽性。為了解決這些問題,實現更好的甲基化數據整合分析,中國科學院北京基因組研究所國家基因組科學數據中心,開發了人類表觀組關聯分析數據庫EWAS Data Hub。該研究成果于201910月在國際學術期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research在線發表,標題為“EWAS Data Hub: a resource of DNA methylation array data and metadata”。


圖:EWAS試驗流

圖片來源:https://en.wikipedia.org/wiki/Epigenome-wide_association_study_(EWAS)

圖:EWAS文章發表情況




  • 數據庫鏈接:https://bigd.big.ac.cn/ewas/datahub/index
  • 數據庫內容:EWAS Data Hub整合了來自GEO、TCGA、ArrayExpressENCODE數據庫的共計75,344個樣本的DNA甲基化芯片數據(450K和850K芯片數據)和相應的元數據,涉及470種組織/細胞類型,306種疾病和178種樣本相關變量。數據整合處理時采用了歸一化方法來消除不同數據集的批次效應,為485,512探針和36,397個基因提供了參考DNA甲基化圖譜。


 

圖:EWAS Data Hub的數據處理流程



  • EWAS Data Hub主頁 (可以搜索探針,基因或者樣本類型)



  • 搜索示例(DNMT1基因)


圖:基因基本信息和基因的探針數

圖:不同組織或細胞的甲基化情況(可以選擇探針位置和種類)


圖:不同性別的甲基化差異

圖:基因甲基化和腫瘤相關性,甲基化和生存相關性

 

圖:基因的甲基化研究文獻和結論

結語:好用的數據庫進行充分數據挖掘+自己的臨床樣本進行技術驗證(推薦選擇多重目的區域甲基化富集測序技術——MethylTarget?,讓您的科研成果更上一個臺階!

 

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